Zavod za pedijatrijsku hematologiju i onkologiju KBC-a Zagreb referentni je centar Ministarstva zdravstva i jedino mjesto u Hrvatskoj u kojoj se izvodi alogena transplantacija koštane srži. U Zavodu se provode i sve vrste najsuvremenijeg liječenja malignih bolesti djece te liječenje svih oblika poremećaja zgrušnjavanja krvi u djece, a najčešće liječene bolesti su leukemija i limfomi. Odjel je izvorno bio smješten u prizemlju glavne zgrade KBC-a Zagreb na samo 600 m2 te je imao 27 kreveta raspoređenih po malim sobama u kojima je bilo smješteno 3-4 djece u jednoj sobi. Prostor je bio neadekvatan, smješten uz prometnicu i glavni ulaz u KBC Zagreb te je teško oboljeloj djeci onemogućena privatnost, mir i tišina. Također, na cijelom su odjelu bile su samo 3 kupaonice, a koje roditelji nisu mogli koristiti te nije postojala mogućnost smještaja roditelja uz dijete.
Novi Odjel je nadogradnja trećeg i četvrtog kata glavne zgrade KBC-a Zagreb. Radovi na novom odjelu započeli su 2019. godine, financirani sredstvima donacija. Međutim, zbog nedostatka sredstva za potpunu izgradnju, Odjel je sredstvima donacija izgrađen tek do određenog stupnja dovršenosti. Sredstvima Zajma Svjetske banke osigurano je financiranje dovršetka izgradnje Odjela koje je bolnica započela donacijskim sredstvima.
Radovi su završeni u srpnju 2024. godine, a novim Odjelom omogućeni su sadržaji projektirani za potrebe pacijenata, njihovih obitelji (roditelja) i osoblja: